کاترین دو مدیچی، ملکه فرانسه و مادر شارل نهم کینه ویژه ای به پروتستان ها داشت. او پس از مرگ همسرش، هانری دوم مدتی نایب السلطنه فرانسه بود و حتی پس از به تخت نشستن شارل نهم، به دلیل این که شارل از تعادل روحی و سلامت جسمی برخوردار نبود، کماکان قدرت خود را حفظ کرد. کاترین دو مدیچی دارای متحد نیرومندی به نام دوک دوگیز، بزرگ خاندان گیز بود که او نیز از دشمنان خونی پروتستان ها محسوب می شد.

در سال 1572، شارل نهم به تحریک مادرش و دوک دوگیز برای کشتار پروتستان‌ها برنامه زیرکانه‌ای پیاده کرد؛ به این شکل که با برگزاری آیین ازدواج خواهرش، مارگریت دو والوا معروف به ملکه مارگو، با فردی به نام هانری دو ناوار که پادشاه سرزمین کوچک ناوار بود (وی نخست، پروتستان بود ولی برای زنده ماندن کاتولیک شده بود) سبب گردآمدن پروتستان‌های هم کیش با داماد در پاریس شد. شب 24 اوت که مصادف با جشن سن بارتلمی بود، ناقوس کلیسای “سن ژرمن لوکسروا” در مقابل کاخ “لوور”، اقامتگاه پادشاه فرانسه به صدا درآمد. صدای ناقوس علامت آغاز قتل عام پروتستان ها بود. حدود 30000 پروتستان در پاریس و در سایر شهرهای فرانسه بدستِ کاتولیک هایی که توسط کاترین دو مدیچی و خانواده گیز تحریک شده بودند، قتل عام شدند. هانری دو ناوار (که بعدها با نام هانری چهارم پادشاه فرانسه شد و سرسلسله خاندان بوربون گشت) با اقبال خوش و کمک همسرش، مارگریت توانست از چنگ تعقیب کنندگان فرار کرده و جان سالم به در برد.

این کشتار در تاریخ به کشتار سن بارتلمی مشهور شده است. این واقعه شوم منجر به یک جنگ خونین مذهبی شد که تا سال 1598 به طول انجامید. پس از آن تعداد زیادی از پروتستان های فرانسه که اغلب صنعتگر بودند، به انگلستان و دیگر کشورهای پروتستان مذهب مهاجرت کردند و این مساله تا سالهای مدید اقتصاد فرانسه را دچار رکود کرد.